Las dos salas de exposiciones de Conde Duque están situadas en torno a la planta baja del Patio Sur y orientadas al sur y al oeste. Son salas de nueva creación y tienen acceso desde el Patio, si bien la sala 1 lo tiene también desde el vestíbulo principal.
Sala Sur
Discurre entre la calle Travesía de Conde Duque y el Patio Sur (orientación sur-norte). Es una planta basilical de tres naves con paneles en los paramentos laterales, de 43,80 m de largo, 12,50 m de ancho y 6 m de altura. La superficie útil es de 441 m², 89,50 m lineales de paneles (de 3,20 y 5 m de altura), y un aforo de 150 personas.
Sala 1
Discurre entre el callejón de las Negras y el Patio Sur (orientación oeste-este). Al igual que la sala anterior, la planta es basilical, pero consta de 4 naves, teniendo 43 m de largo, 17,30 m de ancho y 6 m de alto. La superficie útil es de 695 m², 117 m lineales de paneles de 3,20 m de altura y un aforo de 230 personas.
